Heinichen étant maître de chapelle et très souvent malade ne tarda pas à faire endosser à Zélenka l'immense charge de travail qu'il fallait fournir quasi quotidiennement. Il se mit à composer avec acharnement. Le mariage entre Maria-Josepha et Auguste III, le 20 août 1719, plongea la cour dans une atmosphère mystique et la piété autrichienne envahit toute la Saxe. La cour de Dresde entra véritablement en religion sous la protection de Saint François Xavier, patron de la princesse. Entre 1723 et 1730, Zélenka écrira une messe par an, 4 grands cycles de Vêpres, 6 Lamentations et 27 répons pour la Semaine Sainte, des psaumes et de nombreuses musiques pour les cérémonies mariales dont il avait la charge. Sans compter la grande fécondité de Maria-Josépha  qui entre 1721 et 1740 mettra au monde 15 enfants ce qui donna lieu à de nombreuses compositions religieuses pour les baptêmes et les anniversaires. Hymnes, motets, Te Deum résonnaient dans tout le palais. L'annuaire des Jésuites de 1722 nous renseigne sur la magnificence de toutes ces fêtes liturgiques « monstrance parée d'émeraudes, diamants et autres pierres précieuses » et sur la grande piété du couple royal.

En 1723, Zélenka se rend à Prague pour le couronnement de Charles VI de Bohême où fut exécuté un opéra de Fux qui mobilisa 100 chanteurs et 200 instrumentistes. Il rend visite à ses chers Jésuites qui lui passent commande d'une oeuvre pour le nouveau roi. Zélenka écrit une oeuvre étrange et très originale « Sub olea pacis e palma virtutis », portant en sous-titre Mélodrame de Saint Wenceslas,qui est considérée comme le premier opéra tchèque. Après cette parenthèse, il retourne à Dresde.

A la mort de Heinichen en 1730, c'est lui qui va se charger de toute la composition musicale de la cour. Le poste de maître de chapelle étant vacant, c'est lui qui normalement aurait du en avoir la charge. Il attendit patiemment, travaillant avec acharnement. L'année 1732 lui fut fatale avec la mort de son protecteur Auguste II. Son fils, épris d'opéra italien, d'airs virtuoses et superficiels s'enticha du célèbre Hasse et le nomma en 1734 pour succéder à Heinichen, reléguant  Zélenka à une place secondaire, lui laissant entendre qu'il n'était plus du tout dans le goût du jour, bien loin de cet opéra seria tout en ornementations et frivolité. Dés lors Hasse et sa femme qui était cantatrice régnèrent en maître sur la cour de Dresde. Ce fut le triomphe des orgueilleux et des cupides. Mettant en avant ses 24 années passées au service de la maison royale, Zélenka, désespéré écrit une première lettre de supplication à Auguste III qu'il accompagne de 8 arias italiens. Lettre sans réponse. On le nomme officiellement « compositeur d'église » mais sans augmentation de traitement. Il réitérera plusieurs requêtes dont l'une où il fait état de sa détresse financière et de sa maladie.

Humilié, malade, triste et solitaire, les 10 dernières années de sa vie furent très sombres. Paradoxalement sa musique, avec toutes ses influences italiennes, va comme briller d'un feu nouveau. Zélenka va intégrer avec beaucoup de subtilité dans ses compositions des éléments italianisants : arias développés et ornementés, harmonie très expressive, orchestre avec parties concertantes, le tout sans jamais rien renier de son style original, abrupt et très intellectualisé. Ses oratorios, son requiem et son saisissant Miserére de 1738 témoignent de la dramatisation intense de son écriture. Quelle technique! Chez ce compositeur, la  grande maîtrise polyphonique, le traitement rythmique, l'orchestration, l'attention portée à la dynamique, sont uniques à leur époque par leur modernité.

Après l'oratorio Gèsu al calvario, le compositeur, entre 1736 et 1741, va nous offrir ses plus profondes et plus éblouissantes pièces: la Missa Sancti Trinitatis, la Missa votiva ZWV 18 (1739), la Missa Dei Patris, la Missa Dei Filii (1740), sa dernière grande messe de 1741, la Missa omniium Sanctorum, le Miserere en do mineur, les Litaniae Lauretanae et celles de la Toussaint.

A partir de 1741, Zélenka écrit de moins en moins. Sombre et malade il meurt de la goutte le 23 décembre 1745.

Ce « reclus colérique et mélancolique » comme le décrivaient les chroniqueurs de l'époque sera enterré dans le cimetière de Friedenstad, nous laissant une oeuvre tourmentée, terriblement novatrice, incisive et pure comme un diamant de la plus belle eau ad majorem Dei gloriam.

• CD Zelenka : Messe de la Résurrection
• CD Zelenka : Miserere
  
• CD Zelenka : Musique sacrée
• CD Zelenka : Lamentations de Jérémie
• CD Zelenka : I penitenti al Sepolcro del Redentore
  
• CD Zelenka : Requiem
• CD Zelenka : Sub olea pacis